Расположен Ейск на северо-восточном окончании Ейского полуострова, у основания Ейской косы. Побережье города омывается с востока водами Ейского лимана (самого большого на Северном Кавказе, — площадь около 244 км²) и с запада — водами Таганрогского залива Азовского моря. В трёх километрах от окончания Ейской косы расположен одноимённый остров Ейская коса, внешне напоминающий атолл, то есть остров в форме кольца с защищённой лагуной внутри.
Ейск — самый северный город Краснодарского края; именно поэтому получил распространение слоган «С Ейска начинается Кубань».
Ближайшие к Ейску действующие аэропорты расположены в Ростове-на-Дону и Краснодаре.
Аэропорт Ростова-на-Дону связан прямыми авиарейсами с Москвой, Санкт-Петербургом, Саратовом, Нижним Новгородом, Астраханью, Волгоградом и другими городами России. Для того чтобы добраться от аэропорта до Ейска, нужно доехать на автобусах или маршрутках №7, 95, троллейбусе №9 до автовокзала, а затем на междугороднем автобусе до курорта. Время в пути от автовокзала до Ейска – около 4 часов.
Международный аэропорт Краснодара принимает прямые авиарейсы из Москвы, Санкт-Петербурга, Новосибирска, Волгограда, Астрахани, Симферополя, Екатеринбурга, Вены, Дубая. Для того чтобы добраться от аэропорта до Ейска, нужно доехать на автобусе или маршрутном такси №7 до автовокзала, а далее на междугороднем автобусе до Ейска. Время в пути от автовокзала до курорта – около 5 часов.
В западной части города рядом с трассой Ейск-Должанская находится аэропорт Ейска. В настоящее время в аэропорту проводится реконструкция. Открытие аэропорта ожидается в 2016 году.
Железнодорожный вокзал Ейска принимает поезда из Москвы, Санкт-Петербурга и Ростова. По пригородным маршрутам на отрезке Ейск-Староминская курсируют современные рельсовые автобусы. Летом рельсовые автобусы также ходят по маршруту Ейск-Ростов-на-Дону.
В Ейске находится крупный автотранспортный узел. Автовокзал города обслуживает 25 направлений. Организовано прямое автобусное сообщение с Армавиром, Геленджиком, Краснодаром, Новороссийском, Пятигорском, Ростовом-на-Дону, Ставрополью, Таганрогом. Также курсируют пригородные автобусы до станиц и поселков Ейского района.
Городской наземный транспорт Ейска – маршрутные такси. Всего по городу проложено около 20 маршрутов. На курорте действую компании, предлагающие услуги такси, а также частные извозчики. Также в городе имеются пункты проката автомобилей.
